Uit de Doxygen-handleiding:
De standaard uitvoermap is de map waarin doxygen wordt gestart.
De hoofdmap waarnaar de uitvoer is geschreven, kan worden gewijzigd
met behulp van de OUTPUT_DIRECTORY. De indelingsspecifieke map
binnen de uitvoermap kan worden geselecteerd met behulp van de
HTML_OUTPUT-, RTF_OUTPUT-, LATEX_OUTPUT-, XML_OUTPUT- en
MAN_OUTPUT-tags van het configuratiebestand. Als de
uitvoerdirectory niet bestaat, probeert doxygen deze voor u te
maken (maar hij probeert niet om een heel pad recursief te maken,
zoals mkdir -p dat wel doet).
Als u problemen ondervindt om het te laten doen wat u wilt,
gebruikt u doxywizard om het configuratiebestand veel gemakkelijker
te schrijven.