Uit de Doxygen-handleiding:
De standaard uitvoermap is de map waarin doxygen wordt gestart. De hoofdmap waarnaar de uitvoer is geschreven, kan worden gewijzigd met behulp van de OUTPUT_DIRECTORY. De indelingsspecifieke map binnen de uitvoermap kan worden geselecteerd met behulp van de HTML_OUTPUT-, RTF_OUTPUT-, LATEX_OUTPUT-, XML_OUTPUT- en MAN_OUTPUT-tags van het configuratiebestand. Als de uitvoerdirectory niet bestaat, probeert doxygen deze voor u te maken (maar hij probeert niet om een heel pad recursief te maken, zoals mkdir -p dat wel doet).
Als u problemen ondervindt om het te laten doen wat u wilt, gebruikt u doxywizard om het configuratiebestand veel gemakkelijker te schrijven.